Có thể nói rằng từ lúc mới bước vào con đường cứu nước, cứu dân cho đến trước Cách mạng Tháng Tám-1945, cụ Huỳnh Thúc Kháng vẫn luôn theo đuổi chủ nghĩa dân quyền đi theo lối cách mạng công khai- và chỉ muốn dựa vào cải cách để đưa đất nước tiến lên, mà công việc trước mắt- theo cụ, là phải lo việc “vớt chìm chữa cháy” trong tình trạng đất nước “vàng đá hỗn hào! tai mắt lầm lạc”. Dầu rằng trong khoảng thời gian ấy, càng về giai đoạn sau, nhất là sau khi báo Tiếng dân bị đóng cửa thì cụ càng thất vọng với đường lối mà mình đã đi. 

      Do bế tắc như vậy nên cụ đã tự xếp mình như một hòn đá choán đường, tự dẹp nó vào một xó, nhường bước cho những người sau đi tới. Nếu như trước đó cụ có cái nhìn không đúng về những người cộng sản và chủ nghĩa cộng sản thì từ đây cụ đã bắt đầu nhìn thấy ở họ có một “nhiệt tâm ái quốc đáng kính bội’, nhìn thấy được tư tưởng Mã- Khắc Tư (Các Mác)  và Nhà nước Nga Xô viết của Lê-nin đã có ảnh hưởng lớn đến cách mạng Việt Nam trong hàng chục năm qua, đã làm cho chính sách của người Pháp từ trước đến nay không có chút hiệu quả gì cả.

     Nhìn thấy như vậy, nhưng Huỳnh Thúc Kháng vẫn không khỏi băn khoăn, bởi vì cụ không hiểu được rồi đây con đường đi của Cách mạng Việt Nam do Đảng Cộng sản lãnh đạo sẽ trải qua những giai đoạn như thế nào, và xã hội Cộng sản chủ nghĩa, một xã hội với nền sản xuất hiện đại liệu có thể thực hiện ngay trong nước Cồ Việt ngàn năm văn vật này không.

       Nhưng rồi Cách mạng Tháng Tám dưới sự lãnh đạo của Đảng Cộng sản Việt Nam, đứng đầu là lãnh tụ Hồ Chí Minh đã thành công. Đất nước Việt Nam hoàn toàn độc lập, một nền độc lập thật sự chứ không phải độc lập bánh vẽ, độc lập tiếng gọi mà trước đó bọn Nhật và Nam triều Bảo Đại đã rêu rao. Cái nền độc lập ấy, trong một tiểu mục đề là “ý kiến tôi đối với tiếng gọi Việt Nam độc lập” cụ đã nói rõ:

       “Lá cờ Việt Nam độc lập” như cây nêu cao, viết chữ lớn ở nơi xa tít mà chính nơi trước cửa, nơi bắt đầu ra đi, còn là trảng cát mênh mông, rừng chồi rậm rạp, chưa rõ đường lối, chưa phân phương hướng, cũng chưa nhận thấy trên con đường trải qua nhiều giai đoạn, mà giai đoạn đầu tiên bằng, dốc, khó dễ ra sao”. Còn bây giờ, với cách mạng ngày 2/9 cụ đã khẳng định: “Nói về mặt quốc gia giải phóng thì độc lập ngày 2/9 rõ ràng là toàn dân Việt Nam chúng ta đấu tranh mà được”.

        Như vậy so với Phan Châu Trinh, Phan Bội Châu cùng những đồng chí khác của cụ đã qua đời thì cụ có được cái hạnh phúc tận mắt thấy nước nhà độc lập, cái ước mơ mà cụ và các đồng chí của cụ luôn theo đuổi. Tháng 10/1945, trong lễ kỷ niệm ngày mất của Phan Bội Châu, tại Huế do cụ tổ chức, cụ đã nói “Đời tôi đến đây được thấy cái kết quả mà bình sinh hai cụ (Phan Bội Châu và Phan Châu Trinh) mong ước, như thế là được rồi.

       Từ đây Huỳnh Thúc Kháng không còn thấy mình lẽ loi, bi quan như trước nữa. Cách mạng Tháng Tám đã truyền sang cho cụ một luồng sinh lực mới. Gần 70 tuổi, Huỳnh Thúc Kháng được niềm vui chung của dân tộc. Cùng với cả dân tộc, cụ hân hoan đón chào tết Bính Tuất (1946) cái tết độc lập đầu tiên của nước nhà sau 80 năm trường nô lệ, một cái tết thật mới, “mới lạ lùng”.
       

Trong bài “Mừng Tết độc lập” cụ viết:

    Tết đi Tết lại trải là bao
    Tết mới năm nay khác thế nào
    ….
    Cái Tết năm nay mới lạ lùng
    Mới ngày, mới tháng, mới non song
    Dân hăm lăm triệu quyền ông chủ
    Nước bốn ngàn năm của tổ chung
    “Cứu quốc” lòng đà rèn một khối
    “Tự do” mầm ướm trổ trăm bong
    Cho hay người muốn trời chìu đấy
    Trận thắng năm nay trận cuối cùng

Và với 70 tuổi, Huỳnh Thúc Kháng thấy mình như trẻ lại thời thanh xuân:

    “Trẻ lại với xuân, tuổi nước bốn ngàn năm lịch sử
    Đứng lên làm chủ, quyền người hai chục triệu dân sinh”
                (Câu đối dán nhà)

Huỳnh Thúc Kháng vui mừng nhận thấy lịch sử dân tộc đã bước sang một trang mới:

“Con Hồng cháu lạc, trường ngoại giao vừa ra mắt với hoàn cầu, tết độc lập mới tươi, một nén tâm hương, chúc nước tuổi già ra nước trẻ”.

Phác Á hồn Âu, nền nội trị đã vạch đường tự nhủ, mầm “dân quyền” nẩy nở, muôn viên đá móng, xây tầng lớp dưới đón tầng trên”.

      Thêm một điều đặc biệt là, nếu như trước đó Huỳnh Thúc Kháng chỉ biết một Việt Nam có hai nhà “đại ái quốc”, “tương phản nhi tương thành” là Phan Bội Châu và Phan Châu Trinh, thì với cách mạng Tháng Tám thành công cụ được biết rõ thêm một lãnh tụ kiệt xuất, đó là Hồ Chí Minh, một nhà cách mạng chủ trương cùng một lúc đánh đổ cả ngai vàng phong kiến và ách xâm lược của thực dân không phải dựa vào Nhật như Phan Bội Châu lại không phải dựa vào Pháp như Phan Châu Trinh mà hoàn toàn dựa vào lực lượng của nhân dân.

      Lại càng đặc biệt hơn khi Huỳnh Thúc Kháng được biết Chủ tịch Hồ Chí Minh chính là Nguyễn Ái Quốc, người mà trước đó Phan Bội Châu và Phan Châu Trinh đã đặt vào tất cả niềm hy vong. Chính cụ Phan Châu Trinh vào năm 1926, trên giường bệnh vẫn còn nói với cụ rằng: “Độc lập của nước Việt Nam sau này sở cậy có Nguyễn Ái Quốc”.

      Biết được như vậy, Huỳnh Thúc Kháng càng nóng lòng mong mỏi được gặp Chủ tịch Hồ Chí Minh. Chính giữa lúc ấy, cụ nhận được bức điện của Bác Hồ mời cụ ra Hà Nội tham gia chính phủ. Bấy giờ là vào cuối năm 1945, tiết trời mưa lạnh, cụ Huỳnh điện trả lời:    

       “Thời tiết xấu tôi chưa đi được và không thể nhận chức Bộ trưởng. Trước sau tôi cũng ra gặp cụ”.

      Vài ngày sau, cụ lại tiếp được bức điện thứ hai do Bác Hồ và đồng chí Võ Nguyên Giáp Bộ trưởng Nội vụ trong chính phủ lâm thời gởi:

     “Chúng tôi khẩn khoản mời cụ ra Hà Nội nhận chức Bộ trưởng Nội vụ”. Sau khi bàn bạc với một vài nhân vật ở Huế, cụ Huỳnh nói: “Tôi chỉ muốn ra gặp cụ Hồ để bày tỏ một vài ý kiến. Còn việc gì khác thì tôi không thể nhận”.

     Ngày 23 tháng giêng âm lịch (24/2/1946) Ủy ban hành chính Trung bộ cho xe qua tòa soạn báo Tiếng Dân đưa cụ Huỳnh ra Hà Nội, có hai người đi theo sau săn sóc lúc đi đường, trong đó có ông Nguyễn Xương Thái người Quảng Nam là một cộng tác viên quan trọng của cụ lúc ở tòa soạn Tiếng Dân.

    Đến Hà Nội, giây phúc gặp gỡ đầu tiên giữa cụ Huỳnh và Bác Hồ thật là đến cảm động. Vừa trông thấy cụ Bác Hồ liền bỏ gậy, mũ, bước đến ôm chầm lấy cụ. Câu nói đầu tiên của Bác Hồ là:

“Tôi tưởng đã bỏ thây ở nước ngoài vì mấy chục năm tôi gặp không biết bao nhiêu gian nan và nguy hiểm” 

Cụ Huỳnh Thúc Kháng vừa khóc vừa nói : “Khi còn ở Côn Lôn, tôi cũng tưởng không có ngày phục vụ Tổ quốc, phục vụ nhân dân vì án chung thân. Nay gặp cụ tôi hả lắm”

Sau một đêm nằm chung nhau một giường, hai nhà lão thành ái quốc đã cảm thông nhau một cách sâu sắc.

Như vậy, mặc dù Huỳnh Thúc Kháng là một nhà yêu nước còn nặng chủ nghĩa quốc gia, trong khi Hồ Chủ Tịch dã từ chủ nghĩa yêu nước đi tới chủ nghĩa quốc tế vô sản. Nhưng điều cơ bản là cụ Huỳnh và Bác Hồ có chung nhau tấm lòng yêu nước nhiệt thành, cùng chung hoài bão là phục vụ Tổ quốc, phục vụ dân tộc, để “nước ta hoàn toàn độc lập, dân ta được hoàn toàn tự do, đồng bào ai cũng có cơm ăn áo mặc, ai cũng được học tập”.

Những điểm thống nhất đó đã đưa hai người đến gặp nhau, cuộc gặp gỡ đầu tiên giữa cụ Huỳnh và Bác Hồ là cuộc gặp gỡ lịch sử. Trong cuốn “Những năm tháng không thể nào quên”, đồng chí Võ Nguyên Giáp đã kể lại:
“Giây phút gặp gỡ đầu tiên giữa Bác và cụ Huỳnh thật là cảm động. Hai người đều bước vội tới ôm lấy nhau. Bác và cụ Huỳnh bỗng dưng đều ứa nước mắt, đã nhắc đến cụ Phó Bảng ngày xưa bao phen lận đận ra Bắc vào Nam giữa những năm dài tăm tối. Và ngay từ những phút đầu cụ Huỳnh đã thấy ở nhà cách mạng lừng danh mà từ lâu mình khao khát được gặp là người rất thân thiết. Sau buổi gặp Bác, cụ Huỳnh đã nói với một người bạn “Dân ta có được cụ Hồ quả là hồng phúc” Cụ đã đặt vào Người sự tin cậy hoàn toàn. Mặc dù cụ hơn tuổi Bác nhiều nhưng mỗi khi nhắc đến Hồ Chủ Tịch, cụ thường nói: “Đó là vị cha già của dân tộc”.

Lúc đầu khi Hồ Chủ Tịch nói chuyện với cụ Huỳnh về việc lập chính phủ, cụ Huỳnh đã đôi lần lấy cớ vì tuổi già sức yếu mà từ chối. Cụ nói: “Tôi ra đây là cốt gặp cụ chớ lúc này là lúc cần tăng gia sản xuất mà tôi không biết cầm cày, cầm cuốc, lại phải kháng chiến mà tôi không mang súng nổi. Cụ nên kiến nghị người trẻ thạo việc để trao nhiệm vụ thì hơn”.

Trước sự từ chối của cụ Huỳnh, Hồ Chủ Tịch gặp riêng ông Nguyễn Xương Thái và bảo “Chú thưa với cụ Huỳnh, khi xưa làm quan là hưởng đỉnh chung, bây giờ chúng ta làm việc cho dân, cho nước, gọi là công bộc. Chú cũng nói cho cụ biết chuyện ở bên Tàu còn trọng những người khoa bảng, mà bọn Lư-Hán còn đóng ở đây, chúng biết trong chính phủ ta có vị tiến sĩ Hán học chúng cũng trọng. Cụ Huỳnh đã hi sinh nhiều xin cụ hi sinh thêm. Nay mai sẽ có liên tịch hội nghị, các đảng phái sẽ mời cụ”.  Khi ông Nguyễn Xương Thái trình bày lại những lời căn dặn của Bác, cụ Huỳnh nói: “Từ bữa ra đây đến nay thấy công việc quá nhiều và thương cụ Hồ quá vất vả. Đành lòng mình vẫn một lòng với cụ, chớ nhận Bộ trưởng thì Tiếng Dân ra sao?” Ông Nguyễn Xương Thái đã trả lời: “Tiếng Dân phải có Ban quản trị mới thay cụ” Thế là cách ngày sau cụ Huỳnh đã đồng ý giữ chức Bộ trưởng Bộ Nội vụ.

Như vậy, mặc dù lúc đầu cụ còn chần chừ, từ chối nhưng sự đắn đo từ chối cũng dễ hiểu, bởi cụ Huỳnh vốn tính quá thận trọng. Hơn nữa làm sao cụ lại không khỏi băn khoăn khi trước đó đã có thời gian cụ nhìn nhận không đúng về những người cộng sản và Chủ nghĩa cộng sản, và cũng từng ít nhiều là “một viên đá choán đường” trong lúc “những người sau bước tới”. Nhưng đã là một nhà yêu nước chân chính thì lẽ nào lại ngồi im trong lúc quốc gia hữu sự. Hơn nữa, sau khi tiếp xúc với Hồ Chủ Tịch, cụ Huỳnh đã được Hồ Chủ Tịch cảm hóa hoàn toàn. Chính vì thế mà bao nhiêu băn khoăn lo lắng trước đó ở cụ đều đã tan đi. Ngày 2/3/1946, khóa họp đầu tiên của Quốc hội thông qua danh sách chính phủ mới, trong đó cụ Huỳnh giữ chức Bộ trưởng Nội vụ. 

Tại cuộc họp đầu tiên của Quốc hội ngày 2/3/1946, khi giới thiệu danh sách Chính phủ Liên hiệp để Quốc hội thông qua, Chủ tịch Hồ Chí Minh trình bày: “Bộ Nội vụ: một người đạo đức danh vọng mà toàn quốc dân ai cũng biết: Cụ Huỳnh Thúc Kháng”.  Sau đó cụ Huỳnh lại được cử làm Hội trưởng Hội Liên hiệp Quốc dân Việt Nam (Gọi tắt là Hội Liên Việt).

Đến ngày 7/3/1946 lần đầu tiên cụ ra mắt quốc dân trước tiếng hoan hô vang dậy của hàng vạn đồng bào ở quảng trường Nhà hát lớn Hà Nội. Lần đầu tiên quần chúng được tận mắt thấy tai nghe nhà chí sĩ lão thành vẫn hằng ngưỡng mộ. Cụ già yếu quá, nhưng giọng nói sang sảng ấy, điệu bộ hăng hái ấy là của thanh niên. Lòng nhà chí sĩ bị xúc động quá mạnh trước cảnh sum họp, đoàn kết thân mật trước vận hội mới của nước nhà. Khi cụ nói lên cái chí căm thù giặc Pháp suốt đời nung nấu tâm can cụ, mọi người thấy truyền vào mình tất cả sĩ khí trầm hùng của thời xuân. Ai quên được giữa buổi ấy, hình ảnh Hồ Chủ Tịch ôm chầm lấy cụ, hình ảnh hai người bạn già tương ái.

Từ đây cụ Huỳnh càng say sưa đem hết khả năng tâm huyết ra phục vụ Tổ quốc, phục vụ dân tộc. Và cũng từ đây mối quan hệ giữa cụ và Bác Hồ ngày càng khăng khít. Khâm phục tài năng và đức độ của Hồ Chủ Tịch trong câu đối mừng Người vào ngày 19/5/1946 cụ viết: 

“Mưa Âu gió Mỹ, càng xông pha, khí phách càng kiên cường, năm sáu hoa giáp chẳng già đâu, hai tay rinh nổi quyền dân, xốc vác non sông dồn một gánh. 
Cờ đỏ sao vàng, cùng tin ngưỡng tinh thần cùng phấn khởi hăm lăm triệu quốc dân đồng  bào đương ngóng đấy, ba chén nâng cao rượu thọ, vang lừng trời biển tiếng muôn năm” 

Nếu như trước đấy, cụ Huỳnh cảm thấy cô đơn, chán nản thì từ Cách mạng Tháng  8 trở đi cụ cảm thấy được sống trong cảnh ấm cúng “Gia đình chung cô bác an hem, nâng chén rượu chúc nhau, hai chục triệu người không thiếu bạn” (câu dán cửa đối tết). Và đặc biệt là cụ đã gặp được người bạn tri kỷ là Hồ Chủ Tịch. Trong bài “Thất thập tự thọ” cụ viết: 

“…Bảy tuần đầu bạc như bông
Gặp người tri kỷ thôi xong đã già”

Trong thời gian Hồ Chủ tịch đi thăm nước Pháp, trong một số ít  nhân dân có phần lo lắng, bọn Việt gian lại lợi dụng cơ hội đó để âm mưu làm giảm uy tín của Người. Cụ Huỳnh đã viết bài thơ ca ngợi Hồ Chủ tịch:

“Tung hoành bể Sở với non Ngô
Đãm lược ai hơn Chủ tịch Hồ
Mưa gió dãi dầu bao tuế nguyệt
Nước non gây dựng nội cơ đồ
Sen kia chẳng ngại hôi bùn lắm
Tùng nọ bao phen ngọn gió xô
Khắp cả ba kỳ đều tín nhiệm
Rộn ràng muôn miệng tiếng hoan hô”

Khi các cuộc kháng chiến toàn quốc nổ ra, chính phủ cử nhiều đại diện đi về các tỉnh để xem xét tình hình và vận động nhân dân đứng lên kháng chiến chống thực dân Pháp xâm lược. Cụ Huỳnh được cử đi kinh lý các tỉnh miền Trung và Nam Trung bộ với danh nghĩa đại diện của Chính phủ Trung ương

Trong chuyến đi này cụ Hùynh đã giải thích cho nhân dân đường lối kháng chiến của Chính phủ, hiểu về Hồ Chủ tịch.

Tại Quảng Bình, sau buổi nói chuyện của cụ, có một số thanh niên đến gặp và hỏi ý kiến cụ về việc Chính phủ ta ký hiệp định sơ bộ ngày 6/3. Cụ đã giải thích cho họ hiểu và đi đến kết luận : “Hội đồng Chính phủ không bán nước!…Tôi xin tuyên vắn tắt với anh em đó chẳng qua là một nước cờ của Hồ Chủ tịch với cả nước Pháp lẫn Tưởng Giới Thạch. Hồ Chủ tịch là một tay cao cờ. Tôi chắc chắn và anh em cứ đinh ninh rồi đây thế nào mình cũng thắng thế”

Trong thời gian ở thăm quê tại làng Thạnh Bình (nay thuộc Tiên Cảnh, Tiên Phước) bà con nông dân đã đem cá đến biếu cụ. Cụ nói “ở Hà Nội Hồ Chủ tịch tiết kiệm lắm. Mỗi bữa cơm cụ Hồ chỉ dùng có một quả trứng”. Cụ lại nói với nhân dân trong xã : “Tôi đã vào loại vào sáng nhưng cụ Hồ lại sáng hơn tôi nhiều. Cụ Hồ có những người giúp việc thông minh lắm, giỏi lắm, tin tưởng lắm”.

 Sáng ngày 31/5/1946, Chủ tịch Hồ Chí Minh rời Hà Nội đi Pháp để mở cuộc đàm phán chính thức với chính phủ Pháp. Sân bay Gia Lâm hôm ấy đông nghịt người ra tiễn. Chủ tịch Hồ Chí Minh đi một vòng chào các đại biểu và đồng bào. Đồng bào vẫy cờ, vỗ tay hoan hô và chen lấn nhau ra phía trước để được nhìn rõ Người.

    Sắp đến giờ lên máy bay, Bác tới nắm tay cụ Huỳnh nói:

    - Tôi vì nhiệm vụ quốc dân giao phó phải đi xa ít lâu, ở nhà trăm sự khó khăn nhờ cậy ở Cụ cùng với anh em giải quyết cho. Mong Cụ “dĩ bất biến ứng vạn biến” (lấy cái không thay đổi để đối phó với muôn sự thay đổi).

    Cụ Huỳnh rất cảm động, cầm tay Bác hồi lâu, Bác đã ủy nhiệm cụ Huỳnh làm Quyền Chủ tịch nước trong thời gian Bác đi vắng.

Đầu năm 1947 với danh nghĩa Hội trưởng Hội Liên hiệp quốc dân Việt Nam, cụ Huỳnh đã viết bài thơ dài “Kính cáo đồng bào phụ lão Kháng chiến thư”, trong đó có đoạn :

“Lúc bấy giờ, người thân yêu quý mến nhất của đồng bào quốc dân chúng ta là Hồ Chí Minh tiên sinh, nhà lịch nghiệm cách mạng đại chuyên gia
Chân đi khắp năm châu, mắt trông xa vạn dặm
Nhận rõ thời cuộc, lặn dò thời cơ…”

Đầu tháng tư năm ấy cụ vào Quảng Ngãi. Tại đây trong một buổi nói chuyện với thân hào nhân sĩ, có một ông già lên tiếng hỏi cụ : “Tôi thuở nay nghe biết tên nhiều nhà cách mạng hoạt động ở trong nước cũng như ở nước ngoài. Nhưng chưa từng nghe tiếng ông Hồ Chí Minh. Vậy Hồ Chí Minh là ai”

Cụ trả lời: “Ông Hồ Chí Minh là con ông Phó bảng Sắc ở Nghệ An, suýt soát lớp ông và tôi. Ông Hồ hoạt động chính trị ở nhiều nước Âu, Á, Phi và hoạt động bí mật tất nhiên là thay tên đổi họ luôn luôn để tránh màng lưới mật thám quốc tế. Nhưng cái tên làm chấn động thế giới là Nguyễn Ái Quốc. Chắc ông biết, nhiều người biết”.

Đồng thời cụ còn nói rõ hơn với một ông khác : “ Ông Hồ không phải như nhiều người khác, mượn hai tiếng Cách mạng để rồi làm giàu hoặc làm quan to như các ông tưởng đâu. Ông Hồ không đồng xu dính túi. Nói về bằng cấp thì ông Hồ không là Tiến sĩ, Phó bảng gì cả. Nhưng nói về trí thức và sự nghiệp cách mạng thì chắc chắn lớp chúng ta cũng như lớp trước chúng ta không ai bì kịp”. 

Sự hiểu biết của ông Hồ rất xa, rất rộng, chẳng những việc trong nước mà cả việc thế giới nữa kia. Nước này tương lai sẽ đi về đâu? Nước kia rồi đây sẽ như thế nào, ông nói rất rành rọt, mạch lạc nghe không chán”

Tình cảm và sự khâm phục của cụ Huỳnh dành cho Bác Hồ là như thế, ngược lại tình cảm của Bác Hồ đối với cụ Huỳnh cũng thật là thắm thiết. Cảm kích trước tấm lòng nhiệt tình ái quốc của cụ trong lời tuyên bố sau khi thành lập Chính phủ mới, Hồ Chủ tịch nói: “…Có những vị có tài năng nhận lời tham gia Chính phủ như cụ Huỳnh, vì tuổi già sức yếu mà cố từ, nhưng vì tôi lấy đại nghĩa mà lưu cụ, cụ cũng gắng ở lại”

Trong bài “Quê hương nghĩa nặng ơn sâu. Mấy mươi năm ấy biết bao nhiêu tình”. Hồ Quang Chính có kể lại chi tiết sau: “Hồi tháng 10/46, từ Nghệ An, bà Thanh ra thăm Hồ Chủ tịch và nói với Bác: “Chị biếu cậu một chai tương Nam Đàn và hai con gà”. Bác vui vẻ nói: “Qúy quá, cám ơn chị, tương thì để thỉnh thoảng ăn, mời cụ Huỳnh Thúc Kháng cùng ăn cho vui, gà để nuôi cho nó đẻ trứng”. Và chiều đó, Bác mời bà Thanh ở lại ăn cơm với Bác, Bác lại mời cả cụ Huỳnh đến dự.

Và chỉ riêng việc Hồ Chủ tịch ủy thác cho cụ Hùynh quyền Chủ tịch nước trong thời gian Người đi vắng thăm nước Pháp cũng đã chứng tỏ Người tin tưởng hoàn toàn vào cụ. Trong thời gian đó, Bác đã gửi thư về thăm cụ với những câu thật thân thiết gắn bó “Nhớ cụ lắm cụ Huỳnh ơi…” Nhưng vì tuổi già sức yếu lại bị lâm bệnh nặng biết mình không qua khỏi, trên giường bệnh tại Quảng Ngãi, ngày 14/4/1947 cụ Huỳnh đã đọc cho người thư ký riêng của mình đánh điện cho Hồ Chủ tịch:

“Kính gởi Hồ Chủ tịch.
Tôi bệnh nặng chắc không qua khỏi. Bốn mươi năm ôm ấp độc lập và dân chủ, nay nước đã độc lập, chế độ dân chủ đã thực hiện là tôi chết hả. Chỉ tiếc không gặp được cụ lần cuối cùng. Chúc cụ sống lâu để dìu dắt quốc dân trên đường vinh quang hạnh phúc.
Chào Vĩnh quyết”

Cụ mất hồi 9 giờ sáng ngày 21/4/1947 tại huyện Bình Sơn, Quảng Ngãi. Để tỏ lòng thương tiếc và biết ơn nhà chí sĩ suốt đời tận tụy vì Tổ quốc, vị Bộ trưởng có nhiều công lao và thành tích, cả nước treo cò rũ và cử hành tang lễ truy điệu khắp nơi.

  Rất thương tiếc và đau buồn, Chủ tịch Hồ Chí Minh đã viết thư cho đồng bào cả nước:

    “Gửi toàn thể đồng bào sau ngày cụ Bộ trưởng Huỳnh Thúc Kháng tạ thế
    Hỡi đồng bào yêu quý,
    Vị chiến sĩ lão tiền bối Huỳnh Thúc Kháng, Bộ trưởng Bộ Nội vụ và Hội trưởng Hội Liên hiệp quốc dân vừa tạ thế.
    Trước sự đau xót đó, Chính phủ ta đã ra lệnh làm Quốc tang.
    Nhân dịp này, tôi có vài lời báo cáo cùng đồng bào.
    Cụ Huỳnh là một người học hành rất rộng, chí khí rất bền, đạo đức rất cao. Vì lòng yêu nước, mà trước đây Cụ bị bọn thực dân làm tội, đầy ra Côn Đảo. Mười mấy năm trường, gian nan cực khổ. Nhưng lòng son dạ sắt, yêu nước thương nòi của cụ Huỳnh, chẳng những không sờn lại thêm kiên quyết.
    Cụ Huỳnh là người mà giàu sang không làm xiêu lòng, nghèo khổ không làm nản chí, oai vũ không làm sờn gan.
    Cả đời cụ Huỳnh không cầu danh vị, không cầu lợi lộc, không thèm làm giàu, không thèm làm quan. Cả đời cụ Huỳnh chỉ phấn đấu cho dân được tự do, nước được độc lập.
    Đến nay nước Việt Nam Dân chủ Cộng hòa thành lập, Chính phủ ta mời Cụ ra. Tuy đã hơn 71 tuổi, nhưng Cụ vẫn hăng hái nhận lời. Cụ nói: “Trong lúc phục hưng dân tộc, xây dựng nước nhà thì bất kỳ già, trẻ, trai, gái, ai cũng phải ra sức phụng sự Tổ quốc”.
    Nay chẳng may Cụ Huỳnh sớm tạ thế, trước khi được thấy kháng chiến thành công.
    Cụ Huỳnh tuy tạ thế nhưng cái chí vì nước, vì nòi của cụ vẫn luôn sống mạnh mẽ trong lòng 20 triệu đồng bào chúng ta.
    Hỡi đồng bào yêu quý,
    Chúng ta thương tiếc cụ Huỳnh vô cùng. Nhưng chúng ta không nên thương tiếc bằng cách than khóc rầu rĩ. Chúng ta thương tiếc Cụ bằng cách: càng đoàn kết chặt chẽ, càng hăng hái kháng chiến; bằng cách: theo gương dũng cảm, noi chí quật cường của Cụ; bằng cách: hoàn thành sự nghiệp cứu nước, cứu dân mà Cụ đã ra sức đeo đuổi suốt đời. Chúng ta phải đồng thanh thề trước tiên linh của cụ Huỳnh rằng:   
Đồng bào Việt Nam quyết theo gương kiên quyết của Cụ.
Con Rồng cháu Tiên quyết không làm nô lệ.
Tinh thần kháng chiến của cụ Huỳnh sống mãi.
Việt Nam thống nhất và độc lập muôn năm!

Ngày 29 tháng 4 năm 1947 
Hồ Chí Minh”

Ngày 3/5/1947, phóng viên các báo Việt Nam đi thăm mặt trận X, may mắn lại được gặp Chủ tịch Hồ Chí Minh cùng đến thăm mặt trận đó. Nhắc đến Huỳnh Bộ trưởng, Chủ tịch Hồ Chí Minh rơi nước mắt mà nói rằng:

    “Cụ Huỳnh là một nhà cách mạng rất kiên quyết, trung thành. Cụ mất là một điều thiệt thòi lớn cho dân tộc, cho Tổ quốc ta. Nhưng tôi tin chắc rằng sẽ có hàng vạn hàng ức đồng bào theo gương dũng cảm vì nước vì dân của cụ Huỳnh”.

    Nhân ngày giỗ đầu của cụ Huỳnh, Người có điện thăm hỏi đến gia đình.

    “Điện gửi gia đình cố Bộ trưởng Huỳnh Thúc Kháng
    Gửi gia đình Huỳnh Bộ trưởng,
    Nhân ngày giỗ đầu cố Bộ trưởng, thay mặt Chính phủ, tôi kính cẩn nghiêng mình trước linh hồn Cụ và xin gửi gia đình Cụ lời chào thân ái và quyết thắng.

Ngày 21 tháng 4 năm 1948
                                                                                Hồ Chí Minh”

Theo CĐT thành phố Đà Nẵng