Ông đã xây dựng làng Phú Lâm vốn ở vùng núi rừng thành làng duy tân cả văn hóa, giáo dục và kinh tế - xã hội.

Biến khó thành thời cơ
Lê Cơ sinh năm 1870 (1859?), quê làng Phú Lâm, huyện Lễ Dương, phủ Thăng Bình (nay là xã Tiên Sơn, huyện Tiên Phước, tỉnh Quảng Nam); thân phụ là Lê Tuân, anh ruột bà Lê Thị Trung, mẹ của Phan Châu Trinh; thân mẫu là Nguyễn Thị, là cháu ngoại Thượng thư bộ Lại Nguyễn Thuật.
Thuở nhỏ, ông học chữ Hán. Sau khi đỗ Tam trường khoa Canh Tý (1900), ông dừng lại con đường khoa cử. Vốn đã được tiếp cận "tân thư", lại có mối liên hệ với Phan Chu Trinh, ông sớm tiếp nhận tư tưởng duy tân để mở mang dân trí, cải cách xã hội.

Lúc này làng Phú Lâm bị cường hào thao túng nên suốt 3 năm không ai chịu làm lý trưởng. Năm 1903, khi bị tri phủ Thăng Bình ép buộc, Lê Cơ bất đắc dĩ phải nhận chức này. Với suy nghĩ "dẫu không làm nổi việc lớn cho thiên hạ thì cũng có thể thí nghiệm trong một làng", ông chấp nhận làm lý trưởng, đối mặt với cường hào, để thực thi lý tưởng canh tân ngay trên quê hương mình. Khi đã nắm quyền, Lê Cơ dốc sức trừ nạn cường hào nhũng lạm: "Bắt đầu cải cách từ việc sưu thuế cho đến việc tế tự, canh phòng, trăm điều chấn chỉnh, bọn cường hào không thể thực thi thủ đoạn ích kỷ như trước mà dân chúng trong làng đều tâm phục cả" - Huỳnh Thúc Kháng.
Khi việc chấn chỉnh, cải cách các quan hệ làng xã bước đầu có kết quả, được dân làng tin tưởng, Lê Cơ liền thực hiện cải cách một cách toàn diện cả giáo dục, văn hóa, kinh tế… 
Thương cuộc và hợp tác xã
Về kinh tế, ông xin giấy phép rồi vận động Nhân dân trong xã góp cổ phần, lập Thương hội bình dân, bắt đầu hoạt động vào tháng 5/1904 và mở đầu cho việc ra đời một loạt thương hội ở Quảng Nam. Thương hội có Ban trị sự, có người chuyên đi mua mắm muối, dầu, vải, nông cụ... ở Tam Kỳ, Hội An về bán cho dân; cho người buôn nghèo ứng hàng hoặc tiền về mua hàng để bán, buổi tối trả lại thương cuộc tiền vốn; cho nông dân vay vốn để khỏi phải bị thương lái người Hoa ép “bán non” quế, hồ tiêu; mở các quán nhỏ trong làng để tiện cho người dân mua sắm. Thương hội còn là nơi để các nhà Duy Tân gặp gỡ, trao đổi thông tin với sĩ phu các tỉnh khác để tuyên truyền vận động duy tân. Tri phủ sở tại lo sợ nên đòi lại giấy phép nhưng ông không chịu. Bắt lên phủ mấy lần, kể cả nọc ra đánh ông cũng không chịu. Lên Quan Sứ, ông nói có lý lẽ nên "Quan Sứ xét rõ đầu đuôi, biết ông làm việc ích lợi nên trước mặt quan phủ, quan Sứ khen Lê Cơ và cho phép về làm…".
Tuy thế, thực dân Pháp vẫn nghi ngờ: "Họ tổ chức thành cái gọi là Hội buôn, để tạo ra dáng dấp buôn bán chứ thực sự không làm việc buôn... thực ra đó là nơi họ dùng để hội họp".
Trước tình trạng phần lớn ruộng tốt đều nằm trong tay nhà giàu, nông dân nghèo phải làm thuê cho địa chủ, Lê Cơ thành lập các nông đoàn, vận động những người khá giả trong làng tự nguyện hiến ruộng vườn rồi vận động dân vỡ hoang nối liền các vườn đó thành những khu vườn lớn trồng các loại cây ăn quả. Ông tập hợp những đám ruộng hiến, ruộng công, ruộng vỡ hoang, ruộng đổi, ruộng chùa... rồi lập hợp tác xã để cho dân nghèo không có ruộng, cày cấy chung, thoát cảnh cày thuê cuốc mướn.
Lê Cơ còn cho lập lò rèn trong làng để cung cấp nông cụ, tạo điều kiện thuận lợi khuyến khích phong trào khai hoang lập vườn.
Trường tân học Phú Lâm
Sau khi xin giấy phép, trường được thành lập vào đầu năm 1904, là trường tân học đầu tiên của phong trào Duy Tân và cũng là một trong những trường lớn của tỉnh Quảng Nam thời bấy giờ.
Trường khai giảng vào ngày 30/4/1904. Trường làm bằng tranh tre do Nhân dân trong xã đóng góp. Giáo viên là những người tình nguyện đến dạy, không nhận lương, chỉ nuôi ăn và lộ phí. Học sinh nghèo được cấp giấy bút. Các khoản kinh phí này do những gia đình khá giả trong làng đóng góp và trích một phần từ tiền bán nông sản của các nông đoàn, các hợp tác xã.
Phú Lâm là trường tân học đầu tiên của cả nước có lớp nữ sinh và nữ giáo viên. 
Trường dạy chữ Pháp, chữ Hán và đặc biệt chú trọng chữ quốc ngữ. Lúc đầu còn có khó khăn do tư tưởng bảo thủ nhưng nhờ sự kiên trì tuyên truyền, vận động và nhiệt tình giảng dạy của giáo viên, dần dần số người theo học càng đông tạo nên một phong trào học chữ quốc ngữ rầm rộ, lan ra ngoài phạm vi Phú Lâm.
Ngoài dạy chữ, trường dạy các môn khoa học tự nhiên (toán, cách trí), khoa học xã hội (sử ký, địa dư), vẽ, thủ công, thể dục.
Nhà trường có mục tiêu hướng nghiệp rõ ràng, “Học là học có nghề có nghiệp/Trước giữ mình sau giúp người ta”. Học sinh được học các môn thủ công, làm những đồ dùng cần thiết trong đời sống hàng ngày, chấm điểm xong được đem về nhà dùng.
Trường Phú Lâm còn tổ chức cho học sinh tham gia các kỳ khảo hạch chung với học sinh các trường tân học ở trong vùng để giao lưu, cùng nhau thi đua học tập, trao đổi kinh nghiệm. Đây cũng là dịp để tuyên truyền tư tưởng Duy Tân.
Do ở vùng nông thôn nên trường Phú Lâm áp dụng nguyên tắc "thả học thả canh", vừa làm ruộng vừa học. Học sinh đến trường vào lúc nông nhàn, nghỉ học vào những ngày mùa.
Đổi mới quan trọng nhất của trường là chủ trương học để mở mang trí tuệ, để có kiến thức chứ không phải học để thi, cốt đào tạo những con người có kiến thức, có thực tài, để phục vụ Nhân dân chứ không phải để lấy bằng cấp, để vinh thân phì gia.
Với nội dung và phương pháp giáo dục tiên tiến đó, trường Phú Lâm đã nhanh chóng trở thành một mô hình giáo dục mới được nhiều nơi đến tham quan, tìm hiểu. Dương Bá Trạc cũng đã vào Phú Lâm tham khảo để về Hà Nội thành lập Đông Kinh nghĩa thục.
Ngoài ra, Lê Cơ còn tổ chức các buổi hội họp, diễn thuyết kêu gọi học chữ quốc ngữ, cắt tóc ngắn, mặc đồ ngắn, ăn ở hợp vệ sinh, khuyến khích tinh thần tương thân tương ái, giúp đỡ nhau khi hoạn nạn, đề cao nông nghiệp và thương mại.
Hoạt động mạnh mẽ của các trường tân học làm cho thực dân Pháp lo sợ và tìm cách đàn áp. Tháng 3/1908, phong trào kháng sưu khất thuế nổ ra ở Quảng Nam rồi nhanh chóng lan ra các tỉnh miền Trung, thực dân Pháp thẳng tay đàn áp, bắt bớ giam cầm các lãnh tụ, trường Phú Lâm cũng như các trường tân học khác đều bị đóng cửa, đập phá tan tành. Lê Cơ bị bắt giam. Ngày 29/8/1908, tòa án Nam triều kết tội Lê Cơ: "Tụ họp đông người, cải trang diễn thuyết, kết họp hàng xóm láng giềng, lập trù bảo hiểm, tự mình quyết đoán", bị xử phạt 100 trượng và bị đày 3 năm, mọi thành tựu của ông và làng Phú Lâm đã bị phá hủy.
Sau ba năm ở tù về, ông lại tham gia vào cuộc khởi nghĩa Duy Tân năm 1916. Cuộc khởi nghĩa bị bại lộ, ông phò vua Duy Tân chạy đến Hà Trung thì bị bắt rồi bị đày đi Lao Bảo.
Tại đây, ngày 26/10/1918, vì bảo vệ bạn tù, Lê Cơ đã bị Pháp bắn chết ngay tại chỗ.

Công cuộc duy tân ở Phú Lâm thể hiện tài năng và tầm nhìn vượt trội của của Lê Cơ. Ông đã dựng lên được một mô hình làng Duy Tân làm tấm gương cho cả phong trào Duy Tân hồi đầu thế kỷ 20 noi theo.

Vĩnh Khánh - Báo Kinh Tế Đô Thị